Afin de coloniser Tubuai, Fletcher décide de retourner à Tahiti pour s'approvisionner et prendre du bétail. Ainsi le 6 juin ils débarquent à Tahiti. Là, il explique son retour et l'absence d'une partie de l'équipage par la rencontre en mer du capitaine Cook (mort depuis longtemps, mais ceci avait été caché par Bligh aux tahitiens afin de profiter de l'aura quasi divine que Cook possédait auprès des indigènes). Le capitaine Cook aurait pris à son bord les plants d'arbre à pain ainsi qu'une partie de l'équipage. Il aurait ensuite chargé Fletcher de récupérer à Tahiti des animaux afin de fonder une colonie anglaise dans le Pacifique sud.
C'est grâce à ce mensonge que le 16 juin la Bounty quitte Tahiti avec à son bord 460 cochons, 50 chèvres, des poulets, un taureau (mort durant le voyage), des chats et des chiens, et met le cap sur Tubuai.

• Tentative de colonisation de Tubuai

Les relations avec les indigènes de Tubuai sont très fluctuantes : amicales puis hostiles. Néanmoins Fletcher négocie un emplacement afin d'élever un fort, baptisé ironiquement " Fort George " (du nom du Roi d'Angleterre). La construction de ce fortin est débutée le 18 juillet. Malgré les incidents avec les indigènes le fort prend forme : carré de 100 mètres de côté, des murs épais de 6 mètres à la base et de 4 mètres au sommet.

Hélas, les troubles avec les indigènes et la mésentente entre les mutins amenèrent Fletcher à proposer un référendum afin de statuer sur le maintien de leur colonie. Une majorité des hommes choisit de retourner à Tahiti, en laissant le fort quasi achevé.

• Retour à Tahiti après l'echec de la colonisation de Tubuai

Le 20 septembre, arrivés sur l'île, les hommes de la Bounty se séparent. Chacun retrouve la famille d'accueil qui fut la sienne durant leur précédent séjour de 6 mois.

Dans la nuit du 21 septembre 1790, les 9 mutins accompagnés de 7 tahitiens et 12 tahitiennes appareillent en secret. Ils ne peuvent pas rester à Tahiti qui sera le premier lieu fouillé par l'Amirauté pour retrouver les traces de la Bounty. Ce petit groupe prend la mer pour trouver un refuge susceptible de les abriter des foudres de la Royal Navy.

Les Anglais abandonnés à Tahiti attendent la venue d'un navire de l'Amirauté. Durant les 8 mois de leur présence à Tahiti ils aideront Tinah, le chef local, à asseoir son autorité sur les tribus environnantes.

• La Pandora

C'est en mai 1791 que la Pandora aborda l'île de Tahiti. Certains marins de la Bounty, notamment ceux n'ayant pas pris part à la mutinerie, se livrèrent afin de prouver leur bonne foi. Les autres furent tous repris. Tous, sans exception, furent placés dans une cage de 15 mètres carrés, surnommée " la boîte de Pandore ", sans contact avec l'équipage. Ils étaient au nombre de 14…

La frégate appareille le 19 mai 1791, et fouille durant 3 mois les îles entre Tahiti et la barrière de corail, à la recherche des mutins.

C'est sur cette barrière de corail, dans le détroit de Torres, qu'une tempête jeta la Pandora le 28 août. Le lendemain, malgré les efforts de l'équipage, le bâtiment ne peut être sauvé. Le capitaine Edwards ordonna l'abandon du navire, mais il refusa de libérer les prisonniers. Au tout dernier moment, alors que la frégate sombrait, le maître d'armes, malgré les ordres de son commandant, remit les clefs aux prisonniers. La plupart purent se détacher, mais quatre d'entre eux n'eurent pas cette chance et périrent noyés, toujours enchaînés.

L'équipage de la Pandora, ainsi que les prisonniers restants, se répartirent dans les 4 embarcations de la frégate, et, suivant en cela les traces de Bligh, rallièrent Timor où ils arrivèrent exténués le 15 septembre.

• Le procès des prisonniers

Plus de trois ans après les faits, le 12 septembre 1792, les marins de la Bounty faits prisonniers par le capitaine Edwards sont jugés par une cour martiale à Londres. Ce procès se déroule durant l'absence de Bligh partit pour son second voyage à la recherche de l'arbre à pain. Sur les 10 prisonniers, 4 furent acquittés, 3 graciés par le roi et 3 reconnus coupables de complicité et condamnés à la pendaison.