Le soir du 28 avril 1789, Bligh et ses hommes arrivent sur l'île de Tofoa. Ils y passèrent quelques jours à compléter leurs vivres avec les maigres ressources de l'île. Les relations avec les indigènes se dégradant rapidement, le 2 mai ils durent fuir sous les jets de pierres. Un des hommes de la chaloupe, lapidé par les insulaires, sera abandonné, mort, sur la plage. A l'issue de cette expérience Bligh décida de ne plus tenter d'accoster jusqu'à l'arrivée à Timor.

Dans ces conditions le rationnement des vivres et de l'eau commença immédiatement : 60 grammes de biscuit et un quart de litre d'eau par jour et par personne. Le pesage des portions était réalisé à l'aide d'une balance bricolée avec des coques de noix de coco. Ils mangèrent, cru et intégralement, un oiseau de mer trop curieux. La pêche demeura infructueuse durant toute la traversée. Le manque de place était tel que Bligh sépara son " équipage " en deux bordées : une moitié des hommes se tenait assis, l'autre moitié pouvait se coucher.

Le 3 mai une terrible tempête s'abattit sur la chaloupe. Les vagues étaient si hautes que la voile était déventée lorsque la chaloupe se trouvait au plus profond du creux. Ils furent obligés de jeter tout le poids inutile (vêtements, objets…) et d'écoper sans cesse afin de soulager la chaloupe qui menaçait perpétuellement de sombrer.

Ils naviguèrent à la voile et à l'aviron durant les 6 semaines de leur traversée.

Le 24 mai, après un inventaire des vivres restant, Bligh réduit une fois de plus les rations.

Le 26 mai, ils accostent la grande barrière de corail, sur la côte nord-est du continent Australien. Ayant réussi à trouver un passage, ils débarquent prudemment sur une île et font provision d'eau et d'huîtres.

Le 3 juin, ils passent le détroit de Torres. L'état de l'équipage est critique. Les hommes éprouvent une perpétuelle envie de dormir. Ayant aperçu des indigènes, Bligh décida de ne pas tenter de débarquement, ils reprirent donc le large sans toucher terre.

Enfin, le 12 juin l'île de Timor est en vue. Ils accosteront deux jours plus tard à Koepang, établissement hollandais. Ils venaient de parcourir 8 334 km en un mois et demi !

Bligh et ses hommes furent secourus par les autorités locales. Mais quatre hommes décédèrent dans les jours et les semaines qui suivirent, des suites des privations qu'ils venaient de vivre. Deux autres hommes décédèrent lors de leur retour vers l'Angleterre.

Depuis Timor, Bligh prévient l'Amirauté et arme un navire pour rentrer le plus rapidement possible en Angleterre.

Arrivé en Angleterre, et conformément à la loi, le capitaine Bligh fut traduit devant une cour martiale pour la perte de son bâtiment. Les courriers qu'il avait envoyés de Timor, et le livre qu'il avait écrit, relatant la mutinerie et le périple en chaloupe, lui avaient acquis le tribunal et le public anglais. Ainsi le Gentleman's Magazine déclarait "les malheurs qu'il a endurés lui donnent droit à toutes les récompenses".

L'Amirauté décida d'envoyer une frégate à la recherche des " pirates ". Ce fut la Pandora qui fut choisie, commandée par le capitaine Edwards.

Bligh, réhabilité par l'Amirauté, eut l'occasion de terminer la tâche qui lui fut confiée avec la Bounty : il remit le cap sur Tahiti pour ramener des plants d'arbres à pain dans les colonies. Cette fois-ci le succès fut au rendez-vous, bien que l'arbre à pain ne pu pas être acclimaté en Jamaïque et que les esclaves n'en voulaient pas aux Antilles. Il eut par la suite le commandement de plusieurs navires de guerres. Il fut nommé gouverneur des Nouvelles-Galles, mais fut déposé et emprisonné durant 2 ans par le commandant de la garnison. Libéré, il reçu le grade de contre-amiral en 1811, puis vice-amiral en 1814. Il mourut à Londres en décembre 1817.