Le 24 avril, une équipe est mise à terre pour effectuer une corvée d'eau et de bois. Les indigènes se montrent très agressifs et Christian Fletcher fait rembarquer ses hommes. De retour à bord de la Bounty, Fletcher se fait traiter de lâche par le capitaine Bligh, alors que Bligh lui-même avait ordonné de ne pas provoquer ou affronter les indigènes. Fletcher reste profondément choqué par l'attitude du capitaine.

Trois jours plus tard, le 27 avril, des noix de coco disparaissent de la provision personnelle du capitaine Bligh. Celui-ci accuse alors Fletcher du vol devant tous les officiers.

Excédé par ces injustices permanentes, Fletcher décide de se construire un radeau de fortune et de quitter le bord, seul, à la faveur de la nuit. Mais il ne put mettre son projet à exécution. C'est à l'aube (nous sommes alors le 28 avril), au moment de prendre son quart et suite à une discussion avec Stuart, que Fletcher décide de s'emparer du navire. Rapidement un groupe de mutins se forme. On trouve dans cette petite troupe les hommes ayant le plus de rancœur envers le capitaine Bligh : Quintrel, Martin, Churchill (tous les trois ayant subit le fouet) ainsi que Thompson, Smith, Williams et McCoy. Ce sont ces neuf hommes qui sont à l'origine de la rébellion. Sous un faux prétexte, ils récupèrent auprès de l'armurier la clef du coffre d'armes.

Ainsi armés, ils investissent le navire, et forcent l'équipage à monter sur le pont. Le capitaine Bligh est sorti sans ménagements de sa cabine. Les officiers furent faits prisonniers. Aucun homme, et surtout aucun officier ne tenta de s'interposer et de reprendre la Bounty. Cette attitude ambigüe leur sera reprochée lors du procès.

Laissons la parole au capitaine Bligh (traduction du livre de bord de la Bounty, rédigé par W.Bligh) : "Juste avant le lever du soleil Mr Christian et le maître d'armes pénétrèrent dans ma cabine pendant que j'étais profondément endormi, se saisissant de moi ils m'attachèrent les mains et me promirent une mort instantanée si je faisais le moindre bruit. Néanmoins je criais suffisamment fort pour alerter les officiers, qui se retrouvèrent consignés par des sentinelles placées à leurs portes... Mr Christian avait un sabre et les autres étaient armés de mousquets et de baïonnettes. Je fus emmené sur le pont en chemise, meurtri par les liens passés autour de mes épaules et attachés dans mon dos, pour ne trouver aucun homme pour m'aider...".


Les mutins répartissent l'équipage : Bligh et ses fidèles sont placés dans la chaloupe, les autres membres de l'équipage sont obligés de rester à bord de la Bounty. La répartition est difficile, la chaloupe ne pouvant pas accueillir tout le monde. Les 19 hommes qu'elle embarque sont déjà en surcharge.

Fletcher accordera à Bligh et son équipage 2 tonnelets d'eau (soient 100 litres d'eau), 6 bouteille de vin, 3 sacs de pain, 50 livres de biscuits, 16 kg de cochon salé, des noix de coco, un sextant, des éphémérides (mais pas de montre), des vêtements et les papiers personnels de Bligh.

Comme armes, les naufragés ne pourront emporter que 4 sabres, les mutins leur refusant toute arme à feu...

Lorsque les 19 "naufragés" et le peu de vivres fournis par les mutins sont embarqués, la chaloupe est débordée et ces hommes sont abandonnés au milieu d'un océan inconnu, à des milliers de kilomètres du premier port civilisé. Les mutins mettent la Bounty sous voiles et disparaissent rapidement à l'horizon.